Inicjatywa utworzenia Muzeum Historii Żydów Polskich narodziła się w Stowarzyszeniu Żydowski Instytut Historyczny i stopniowo zyskała uznanie zarówno w Polsce, jak i za granicą. Dzięki wsparciu indywidualnych oraz instytucjonalnych darczyńców z całego świata w 1995 r. możliwe było rozpoczęcie prac nad projektem muzeum i kontynuowanie ich – jako inicjatywy społecznej – aż do roku 2005 r., gdy oficjalnie powołano do życia Muzeum Historii Żydów Polskich.

Muzeum Historii Żydów Polskich jest pierwszą w Polsce instytucją publiczno-prywatną, stworzoną wspólnie przez rząd (Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego), samorząd lokalny (Miasto Stołeczne Warszawa) i organizację pozarządową (Stowarzyszenie Żydowski Instytut Historyczny). Na mocy aktu założycielskiego strona publiczna sfinansowała budowę budynku muzeum oraz pokrywa większość bieżącego budżetu. Stowarzyszenie ŻIH odpowiadało za sfinansowanie i organizację procesu tworzenia wystawy stałej, a także zasila bieżący budżet operacyjny oraz działalność edukacyjną i publiczną muzeum.

Jerzy Halbersztadt, który w latach 1999-2011 kierował całością prac Stowarzyszenia nad utworzeniem Muzeum Historii Żydów Polskich, początkowo jako dyrektor projektu a następnie jako koordynator Stowarzyszenia do spraw muzeum oraz w latach 2006 – 2011 był pierwszym dyrektorem Muzeum, odegrał główną rolę w tworzeniu Muzeum – jego zaprojektowaniu i budowaniu.

Ponad pięciuset darczyńców z całego świata przyłączyło się do prowadzonej przez Stowarzyszenie kampanii założycielskiej, przekazując na rzecz Muzeum 165 mln zł z czego 145 mln zł pozyskano na rzecz wystawy stałej a 20 mln zł na programy edukacyjne i publiczne realizowane we współpracy z Muzeum oraz na działalność statutową Stowarzyszenia.